Középbirtokos család sarja, Bocskai György és Sulyok Krisztina fia. A bécsi udvarban apród, majd visszatérve Erdélybe, 1592-től váradi kapitány s a törökellenes párt egyik vezéralakja. Unokaöccse, Báthori Zsigmond fejedelem nevében 1595-ben ő kötötte meg a török elleni szövetséget I. Rudolf császárral, ahogy a törökkel való szakítást ellenző politikai párt megtörésében is ő volt a fejedelem fő támasza. 1595-ben fővezérlete alatt az erdélyi és havasalföldi haderő Giurgiu-nál nagy győzelmet aratott a török seregen. Az ígért császári segítség azonban elmaradt, Erdély pedig egymaga a török erejének nem tudott ellenállni. Báthori lemondott, a fejedelemség területe csatatérré vált és szinte teljesen elpusztult. Amikor 1602-ben Bocskai tiltakozott Basta tábornok rémuralma ellen, Prágába internálták és csak két év múlva engedték haza. A Habsburg uralomból kiábrándulva bihari birtokaira húzódott vissza. A török területre menekült bujdosók nevében Bethlen Gábor arra biztatta, hogy álljon egy Habsburg-ellenes felkelés élére, s ehhez a török szövetségét helyezte kilátásba. Levelezésük a kassai főkapitány, Belgiojoso kezébe került, aki már régóta leste az alkalmat, hogy lecsapjon Bocskaira és birtokait elkobozza.

A végső veszélyben Bocskai megnyerte a hajdúkat, s ezek 1604. okt. 15-én Álmosd és Diószeg között szétszórták a Bocskai ellen vonuló császári sereget. A hajdúsereg és vezére november 11-én ünnepélyesen bevonult Kassára, ahová pár nap múlva megérkezett Bethlen Gábor, magával hozva a szultán, I. Ahmed díszkardját – és az athnamét, amelyben Erdély fejedelméül ismeri el Bocskait. Hamarosan megérkeztek az első török–tatár segédcsapatok is. A hajdúk és a hozzájuk csatlakozó jobbágyok élén indította meg Bocskai az idegen uralom elleni szabadságharcot. Csatlakozott hozzá az idegen zsoldosok garázdálkodása és az erőszakos ellenreformáció miatt lázongó városi polgárság, köznemesség, sőt a főnemesség jelentős része is. A könnyen mozgó hajdúcsapatok (tatárok és török lovasság támogatásával) 1605 áprilisától júniusig lerohanták szinte az egész királyi Magyarországot. A német–olasz zsoldoshadakat még a Dunántúlról is kiseperték. Június végén a legelőbb járó hadtest parancsnoka, Némethy Gergely már Sopront ostromolja, csak egy nagyobb császári had közeledtével vonul vissza. Kurta erőgyűjtés után folytatódik a támadás, szeptember 27–28-án Szombathelynél Némethy csatát nyer, s portyázói elindulnak az osztrák tartományok feldúlására. Az előőrsök még Bécset is körüljárják! 1605 végére Magyarországnak a töröktől el nem foglalt része és Erdély a fölkelők birtokában volt, miközben Bocskait 1605. februárjában a medgyesi országgyűlés Erdély, 1605. áprilisában a szerencsi országgyűlés Magyarország fejedelmévé választotta.

I. Rudolf végül tárgyalásokra kényszerült. Bocskai is békére hajlott, egyrészt azért, mert a szabadságharc eredményeit veszélyeztette a felkelők táborán belül a hajdúk és a nemesek egyre élesedő ellentéte, másrészt pedig azért, mert nem akarta magát a török karjába vetni, ami pedig elkerülhetetlen lett volna, ha szakít a Habsburgokkal. A Porta a segítség ürügyén további területeket akart magának foglalni. Az 1606 végén megkötött bécsi béke biztosította a magyar rendi jogokat és a vallásszabadságot, s a hét tiszai vármegyét Bocskai élete tartamára Erdélyhez csatolta. Az ugyanebben az évben megkötött, Bocskai által közvetített zsitvatoroki béke a tizenöt éves török háborúnak is véget vetett. A szabadságharc győzelmeinek kivívóit, a hajdúk zömét Bocskai kiemelte a földesúri fennhatóság alól és közösségi kiváltságokkal, katonáskodási kötelezettséggel a hajdúvárosokban telepítette le, ahogy a székelységnek is biztosította korábbi kiváltságait. Végrendeletében a független Erdély fenntartását kötötte utódai lelkére, amelyik kedvezőbb külpolitikai körülmények közt majd megvalósíthatja a szultán és a császár birodalma közt az ország egységét és a nemzeti királyságot.

A történészek és nyelvészek hosszan, de eredménytelenül vitatkoztak arról, hogy egyáltalán honnan került nyelvünkbe a hajdú szó. Vannak, akik a török, vannak akik a délszláv, és vannak, akik a magyar eredet mellett törnek lándzsát. A vita és az útkeresés fontos dolog, de az eredetnél talán fontosabb, hogy mit is jelentett ez a kifejezés itt, Magyarországon. Általában azokat jelölték így, akik az oszmán terjeszkedéssel járó harcok, az állandósuló háborús állapotok következtében kiszakadtak, és nem tudtak, vagy nem is akartak visszailleszkedni sem a hódítók, sem saját társadalmuk rendjébe. A hajdúk megjelenése Magyarországon is a török határaink között való megjelenéséhez köthető. A török portyák és hadjáratok nem csak a falvakat, földeket, terményeket pusztították el, hanem szinte mindent, ami a kor embere számára a „világot” jelentette. Megszűnt a rend, a biztonság, elpusztultak a települések, az otthonok, a családok. Legkorábban az 1498. évi 29. tc. tesz említést a hajdúkról, akik a nyugatra hajtott marhákat kísérve őrizték a csordákat a rablások és támadások ellen. Az 1514. évi 60. és 61. törvénycikkekből pedig kiderül, hogy már 1514-ben Dózsa György seregében is nagy számban voltak jelen hajdúk, akik számára ezen törvény megtiltotta a fegyverviselést. Csapatokba verődve az erdőkben, nádasokban, mocsarakban lappangtak, és elsősorban az életüket, sorsukat megrontó pogány törökön igyekeztek bosszút állni. Ha pedig nem volt kéznél török, de jó zsákmányra volt kilátás, nemzetiségétől és vallásától függetlenül fejbekólintottak bárkit. És bár igyekeztek a török fennhatóság alatti, bizonytalan közigazgatású határvidéken tevékenykedni, ha szükség úgy hozta, lecsaptak máshol is. Különösen a középbirtokos megyei nemességnek okoztak súlyos károkat. Valószínűleg ezzel magyarázható, hogy a század közepén számtalan megyei határozat és törvény rendelte el a hajdúk üldözését és kiirtását.

A XVI. század végére a szót már főleg a paraszti eredetű magyar puskás gyalogos szinonimájaként használták. A kifejezésnek némileg megszelídült formában továbbélt korábbi jelentése is. Ezen nem csodálkozhatunk, hiszen az immár hivatásszerűen katonáskodó hajdúktól továbbra sem volt idegen a zsákmány iránti érdeklődés. Az ország és a hajdúság történetében az 1591-ben kirobbanó és 1606-ig tartó, 15 éves háború minden eddiginél súlyosabb gazdasági és társadalmi katasztrófát idézett elő. A fő hadszíntérnek számitó Dunántúl kistelepüléseinek többségét az 1593 óta minden évben felvonuló félszázezres seregek összecsapásai valósággal letarolták. Az 1600-as évek elejére az ország településszerkezete, gazdasága, és társadalma romokban hevert. Az elpusztított, megújulásra képtelen falvak lakói az országnak abba a keskeny északi-északkeleti sávjába igyekeztek, ahová a háború még nem ért el. A munka, család és otthon nélküli férfiak tömegeiből pedig ismét feltámadt, a vad és fékezhetetlen hírű hajdúság. 1595-ben és 1597-ben az országgyűlés szigorú törvényeket hozott kiirtásukra. Sőt, amint azt 1598. évi 29. törvénycikk is bizonyítja, a törvény erejével próbálták a hadseregbe kényszeriteni őket.

2. §. „... a bármily név alatt bujdokló hajdúkat, ha bárhol fogságba ejtették, minden embernek szabadságában álljon, úgy a magyar, mind a német területen büntetlenül megölnie.

3. §. A jövö hadjáratára azonban szabadságukban álljon, hogy magukat a mezei hadsereg katonái közé fölvétessék, és zsoldért szolgálhassanak.”

A lajstromokba felvett, de sem fizetést, sem ellátást nem kapó hajdúkatonák igen eredményes „partizánháborút” folytattak a hódoltságban. Éjszakai rajtaütésekkel elfoglaltak és felégettek számos kisebb, a dunai hadiutat őrző palánkot. Mivel a kisebb török csapatokat, szállítmányokat szétverték, az utasokat, kereskedőket, futárokat, hírvivőket pedig sorra elfogták, szinte elszigetelték egymástól a török várakat. A helyőrségek alig tudtak érintkezni, nem jutottak hírekhez, élelemhez, nem kapták meg a parancsokat, a zsoldjukat. A hódoltság olyan bizonytalanná vált a törökök számára, hogy 600- 800 főnél kisebb csapatokban nem volt ajánlatos kimozdulni a várakból. De az esztelenségig vakmerő hajdúk még a több ezer főnyi helyőrséggel ellátott helyekre is „beszemtelenkedtek”. 1600-ban olyan nagy városokat rohanták meg, mint Eger, Pest vagy Gyula. A hajdúk harcértékéről, kitartásáról és harcban tanúsított vakmerőségükről a császári-királyi hadak olyan, sok háborút megjárt tábornokai is elismeréssel szóltak, mint Karl Mansfeld, vagy a neves hadtudományi író Giorgo Basta.

A könnyű, rövid puskával, szablyával, és baltával felszerelt magyar gyalogosok fegyverzete feladataikhoz alkalmazkodott, és nem volt alkalmas zárt rendben folytatott nagy ütközetek megvívására. A hajdúk felszerelésük alapján kötetlen lövész- és egyénileg vívott közelharcra voltak alkalmasak. Mivel a hajdúk öltözete pontosan olyan volt, mint bármelyik magyar parasztemberé, ráadásul az ország útjait, vizeit is kiválóan ismerték, az ő feladatuk volt a „mélységi felderítés”, a kémkedés. Székesfehérvár, Sziget, sőt Eszék és Nándorfehérvár környékén figyelték és számlálták a gyülekező török hadakat. Mivel sok volt közöttük a hódoltsági, a helyi viszonyokkal ismerős lévén nehézség nélkül jutottak be a török palánkokba, várakba is. A hadsereg körüli erdőkben, mocsarakban, nádasokban elrejtőzött hajdúcsapatok figyelték, őrizték a megközelítési útvonalakat. Valósággal mesterei voltak a bozótharcnak. Egy-egy erdős, mocsaras helyen lesben állva lelőttek egy-két török lovast, majd kihasználva, hogy nem követhetik őket, eltűntek a sűrűben. Ütközet idején a lovasság mellett a hadsereg legmozgékonyabb elemének számítottak. Ha hirtelen el kellett foglalni, vagy meg kellett tartani egy-egy dombot, hidat, átjárót vagy épületet általában a fürgén mozgó, árkon-bokron, nádon-vízen átjutó hajdúságot küldték. A nagy, 2-3-4 ezer fős német gyalogsági négyszögeket, amiknek hihetetlenül nagy volt a tűzereje és az állóképessége, igen veszélyes volt megmozdítani. Így a négyszögek előtt laza láncba állított hajdúk puskázták, ingerelték támadásra a törököt. A hajdúk kétkezes közelharc „stílusa” ezzel szemben meglehetősen helyigényes volt. A jobb kézben szablya, a balban fokos, vagy könnyű kisbalta. Ez a fegyverzet és harcmodor széles mozdulatokat, és intenzív mozgást igényelt, aminek egyenes következménye volt a zárt rend gyors felbomlása.

Bocskai és a politikai elit legfontosabb feladata a legharciasabb és legkezelhetetlenebb réteg, a hajdúk leszerelése, lecsendesítése és megnyugtatása volt. E folyamat első lépése még 1605 decemberében megtörtént. Bocskai István ekkor 9254 hajdúvitézét, a jobbágyi sorból mindkét ági örököseikkel egyetemben kiemelte, és mindenféle földesúri és egyházi szolgáltatás alól örökre mentesítette. Letelepítésükről és megélhetésükről is gondoskodott. Örökjogon nekik adományozta Kállót, Nánás, Dorog, Hadház, Vámospércs és Szoboszló falvakat, valamint a Varjas, Sima és Vid nevű pusztákat és határaikat. Ezen felül a hajdúkat kiváltságlevelük, településeik határán belül, kollektív nemesi jogokkal is felruházta. 1607 októberében Nagy András hajdúkapitány vezetésével kirobbant az úgynevezett második hajdúfelkelés. Az egyes források szerint 14, mások szerint pedig 16-20 ezer főre becsült sereg motorja, vezető ereje a jogaiban megsértett privilegizált hajdúság volt. Ezek a hajdúk azonban – Bocskai adományainak köszönhetően – már nem fegyveres jobbágyként, hanem politizáló „birtokosként” viselkedtek. Hogy privilégiumaikat hosszabb távon is biztosan élvezhessék, követelték többek között a bécsi béke végrehajtását, az erőszakos katolikus térítés megszüntetését, és mindezeken túlmenően magyar, nemzeti király választását. A Habsburgok detronizációjának felvetését nem a protestáns nemzeti szellem, hanem a józan paraszti ész megnyilvánulásának kell tartanunk. A hajdúk ugyanis pontosan ismerték Rudolf császár és a Habsburg párti magyar nemesség irántuk táplált engesztelhetetlen gyűlöletét. A Rudolf ellen induló Mátyás főherceg seregébe 6000, az erdélyi fejedelemség megszerzésére vonuló Báthory Gábor hadaiba pedig legalább 3-4000 hajdút fogadtak fel. 1608-tól kezdve, mivel ők segítették be az erdélyi fejedelemségbe, Báthory vált a hajdúk legserényebb pártfogójává. 1608-09-ben többek 131között Tamásiban, Berettyóújfaluban, Szentkozmán, Gáborjánban hozott létre újabb kiváltságolt hajdútelepüléseket, és szinte minden fontosabb hajdúkapitánynak kisebb birtokokat adományozott.

Harmadik felkelésük (1630-31) idején a hajdúk -- kiváltságaik megvédése érdekében -- újból beavatkoztak az országos politikába. Bethlen Gábor halála után a fejedelemnek a nikolsburgi béke alapján átadott hét felső-magyarországi vármegye – köztük Szabolcs – a megegyezés szerint visszakerült volna a királyi Magyarország fennhatósága alá. A hajdúvárosok azonban, féltve nehezen kivívott kiváltságaikat, meg akarták akadályozni a megyék visszakerülését. A bihari hajdúsággal szövetkezve szétverték a megyék elfoglalására induló királyi katonaságot, majd csatlakozva erdélyi pártosokhoz, erdélyi fejedelemmé választották Rákóczi Györgyöt. Rákóczi 1631-ben Harsányba 76, Derecskére 1000, 1632-ben Pocsaj és Csalános helységekbe pedig 600 hajdúvitézét telepítette le.

A hajdúság legfelső rétegét a Bocskai által letelepített 7 szabolcsi, illetve az erdélyi fejedelmek által létrehozott, „kis hajdúvárosnak” nevezett 20 bihari település lakói alkották. Kedvező helyzetük abból adódott, hogy egyedül ők rendelkeztek a hajdúszabadság teljességével. Ennek értelmében minden állami és földesúri teher, adó és szolgáltatás alól mentesültek. Településük földjét, annak minden haszonvételével együtt, örökjogon, saját tulajdonukként birtokolták. Lakóhelyüket szabadon választott önkormányzati testület igazgatta, joghatósággal felettük általában csak telepítőjük, vagy az uralkodó rendelkezett. Szabad életük egyetlen kötöttsége az évenként csak meghatározott időre igénybevehető katonai szolgálat volt. A következő réteget a nagybirtokosok által letelepített, úgynevezett magánföldesúri hajdúság alkotta. Ők szintén mentesültek az adók, illetve a legterhesebb földesúri szolgáltatások alól. Mentességeik mértékét és kötelességeiket azonban minden esetben a föld tulajdonosával kötött magán jellegű szerződés, a kiváltságlevél szabályozta. Az előző kettőnél jóval bizonytalanabb és kedvezőtlenebb gazdasági helyzet jellemezte a királyi várakban zsoldos szolgálatot teljesítő iratos vagy királyi hajdúk csoportját. A hajdúság legmegfoghatatlanabb, és legnépesebb csoportját az alkalmi, vagy ahogy a kortársak mondták, szabadhajdúk alkották. Ezek a XVII. század első harmadától már általában nem alkottak állandó, fegyveresen kóborló, fosztogató csoportokat. A szabadhajdúkat mindig az alkalom, a háború teremtette. Ebből pedig volt elég.